１９５９（昭和３４）年９月２６日に襲った伊勢湾台風は、この地域に大きな被害をもたらしました。
学校沿革史には、当時の様子が次のように記されています。
９、２６
伊勢湾台風来襲。小使室等全部浸水。校舎東西前面全壊して、運動場殆ど壊滅、使用不能。運動器具・施設・附属建物等全半壊。見るも無残な状況となる。午後六時頃には災害者数十名を収容し、刻々その数を増して千名に並々とする。一階に於いては床上六〇糎に達し、図書・理科備品・工作機械の被害甚大である。
９、２７
昨夜の台風の被害は想像に絶するものであり、本校生徒にも六名の犠牲者を出す。家屋を流し親族を失う者数多く、本校も平島前ケ須地区災害者収容所となり、収容人数千七十名に達す。校長室は災害対策本部となる。
９、２８
本日より当分の間、臨時休校となる。
その間、各地に避難した生徒を訪問したり、１０月１５日には弥富町に残っている子どもたちのために役場の裏の敷地を借りて「青空教室」を行ったりもしました。
１２月１１日から引き上げが始まり、休校が解除されたのは１２月２１日でした。